Según la obra cronista de Hornachos Ortiz de Tovar:... “esta población fue fundada en el s. XIII por Don Pedro Pérez, al tiempo de la conquista, reservando en ella la Mesa Maestral la dehesa de Vendehacas por los años 1240, dándole el nombre de Hinojosa en recuerdo a otra que había ganado con este nombre, quedando en la Orden de Santiago como encomienda”.

La Orden de Santiago era una orden religiosa y militar que tras llevar a cabo la conquista de esta parte de la frontera, pasó a dominar el territorio en los siglos posteriores. Para ello se situaba en cada población la Casa de la Encomienda, lugar de almacenamiento de los recursos obtenidos.

No quedan restos de la Casa de la Encomienda que la Orden de Santiago poseía en Hinojosa, si bien se conoce su situación, estructura y función mediante diferentes fuentes escritas.

Se sabe que ya en 1478 el comendador don Fernando de Trejo había alzado una casa nueva sobre otra antigua. En los Libros de Visita de la Orden se recoge que en 1498: “Visitóse la casa de la Horden, la qual estava bien reparada y de la puerta adentro ay soberado en que se encierra el pan, aunque mas fuese, e una bodega”.

Era por tanto un almacén para los productos de la Orden. Seguiría el modelo de casa mural de la zona, con pasillo de tránsito central y cuartos a los lados y corral al fondo.

Después de varias ampliaciones, se sabe que quedó en desuso y ya en 1774 solo se tenían recuerdo de su existencia.