Sus primeros moradores fueron gentes de Puebla de Alcocer y Esparragosa de Lares, que acudieron a poblar el enclave en la etapa medieval.

Según la leyenda, su peculiar nombre latino fue aplicado a la población en tiempos remotos por un clérigo, bajo la inspiración de una paloma que, representando al Espíritu santo, revoloteaba a su alrededor, posándose siempre en el mismo olivo a fin de atraer su atención. Comprendiendo la indicación, el religioso erigió sobre ese lugar un oratorio, sobre el que más tarde se consolidaría la actual iglesia parroquial. Desde entonces, el lugar se llama Sancti Spíritus. En fuentes documentales del siglo XVI ya consta tal topónimo.